Beberapa pesantren menyelenggarakan pendidikan model sekolah/madrasah sebagai suatu lembaga pendidikan formal yang diakui secara formal pula oleh negara. Lembaga pendidikan itu misalnya SMA/SMK/MA/SMP/MTS dan lainnya.
Pesantren itu sendiri sebenarnya adalah suatu lembaga pendidikan, hanya saja keberadannya tidak dilembagakan secara formal yang memerlukan semacam akta pendirian yang mendapatkan pengesahan dari penguasa. Ia merupakan lembaga independen masyarakat yang keberadaaanya tidak tergantung oleh surat resmi dari pemerintah.
Namun demikian pesantren ini, menyelenggarakan pendidikan sebagaimana disebutkan di atas. Bhakan saat ini ada beberapa pesantren yang pendidikannya diakui secara resmi oleh negara dengan diberikan surat resmi pengakuan bagi lulusan pesantren.
Pondok Pesantren Modern Islam Assalaam di Kartasura Sukoharjo Surakarta merupakan suatu pesantren yang termasuk menyelenggarakan pendidikan formal tersebut. Di sini memiliki pendidikan MA/MTs/SMA dan SMK.
